延長增值稅抵扣鏈條，是此次“營改增”的一個重要目的。不少行業也確實受益于這項政策，但實際運行中也有一些問題。
比如，現代服務業、交通運輸業等行業與傳統意義上的制造業企業不同，上下游增值稅鏈條的完整性較低。以勞務和智力勞動為主的這些企業，短期內很可能無法取得增值部分的抵扣發票。即使像郵電業這樣具有生產服務特征和大量設備購置的門類，由于一些設備已經購買或更新，三五年內，因實行增值稅進行抵扣而獲得的稅收優惠也不會太多。相反，由于線路、機房維護和營業所需水電支出等成本消耗沒有增值稅進項發票，增值稅具有的抵扣優勢難以完全發揮。再比如，融資租賃還存在著租賃物所有者與承租人之間復雜的增值稅發票問題。承租人稅負增加，將阻礙該行業的發展。可以說，這些細節都需要在實際工作與未來政策制定中引起重視。
延長增值稅抵扣鏈條，更應配套增值稅征收管理辦法的改進。近兩年來，“營改增”的快速推進背后是增值稅征收管理工作大步前進。“營改增”使得更多的一般納稅人和小規模納稅人開始直接面對稅務機關。較之營業稅，增值稅征管模式顯得復雜。這對納稅服務流程的優化提出了更高要求。相關工作的調整直接關系到征收管理效率的改善，乃至“營改增”的成功與否。針對企業勞務成本難以抵扣的問題，租賃物集中在所有者手中承租人無法抵扣的問題，以及郵電業生產成本沒有增值稅發票的問題，后續的政策安排及管理辦法應設法應對。基本原則應遵循兩個方面：其一，盡可能不增加納稅成本和稅務征管成本;其二，創造條件讓分享增值稅抵扣成為可能。
