財務報表分析對于了解企業的財務狀況和經營業績，評價企業的償債能力和盈利能力，制定經濟決策，都有著顯著的作用。但由于種種因素的影響，財務報表分析及其分析方法，也存在著一定的局限性。我們在分析中，應注意這些局限性的影響，以保證分析結果的正確性。
（1）會計處理方法及分析方法對報表可比性的影響。
會計核算上不同的處理方法產生的數據會有差別。例如固定資產采用直線折舊法或采用加速折舊法，折舊費也不同。企業長期投資采用成本法與采用權益法所確認的投資收益也不一樣。因此，如果企業前后期會計處理方法改變，對前后期財務報表對比分析就會有影響。同樣，一個企業與另一個企業比較，如果兩個企業對同一事項的會計處理采用的方法不一樣，數據的可比性也會降低。所以，我們在分析報表時，一定要注意看附注，看看企業使用的是什么方法以及方法有無變更等。
從財務報表分析方法來看，某些指標計算方法不同也會給不同企業之間的比較帶來不同程度的影響。例如應收賬款周轉率、存貨周轉率等，其平均余額的計算，報表使用者由于數據的限制，往往用年初數與年末數進行平均，這樣平均計算應收賬款余額與存貨余額，在經營業務一年內各月各季較均衡的企業尚可，但在季節性經營的企業或各月變動情況較大的情況下，如期初與期末正好是經營旺季，其平均余額就會過大，如是淡季，則又會過小，從而影響到指標的準確性。
此外，財務報表分析、指標評價要與其他企業以及行業平均指標比較才有意義。但各企業不同的情況，如環境影響、企業規模、會計核算方法的差別，會對可比性產生影響。而行業平均指標，往往是各種各樣情況的綜合或折衷，如果行業平均指標是采用抽樣調查得到的，在抽到極端樣本時，還會歪曲整個行業情況。因此，在對比分析時，應慎重使用行業平均指標，對不同企業進行比較時應注意調整一些不可比因素的影響。
（2）通貨膨脹的影響。
由于我國的財務報表是按照歷史成本原則編制的，在通貨膨脹時期，有關數據會受到物價變動的影響，使其不能真實地反映企業的財務狀況和經營成果，引起報表使用者的誤解。例如，以歷史成本為基礎的資產價值必然小于資產當前的價值，以前以500萬元購買的固定資產，現在的重置成本可能為800萬元，但賬上及報表上仍反映為500萬元固定資產原價。如不知道該資產是哪一年買的，僅僅靠這個數據，我們就不能正確理解一個企業的生產規模。進一步說，折舊費是按固定資產原價提取的，利潤是扣減這種折舊費計算出來的，由于折舊費定低了，企業將無力重置價格已上漲的資產；同時由于折舊費定低了，利潤算多了，可能會導致企業多交所得稅，多付利潤，最終可能使企業的簡單再生產也難以維持。
（3）信息的時效性問題。
財務報表中的數據，均是企業過去經濟活動的結果。用這些數據來預測企業未來的動態，只有參考價值，并非絕對合理可靠。而且等報表使用者取得各種報表時，可能離報表編制日已過去多日。
（4）報表數據信息量的限制。
由于報表本身的原因，其提供的數據是有限的。對報表使用者來說，可能不少需要使用的信息，在報表或附注中找不到。
（5）報表數據的可靠性問題。
有時，企業為了使報表顯示出企業良好的財務狀況及經營成果，會在會計核算方法上采用其他手段來粉飾財務報表。這時財務報表分析就容易誤入歧途。
以上關于財務報表分析及其分析方法局限性的種種說明并不能否定財務報表分析的積極作用，了解這些局限性，分析報表時注意它們的影響，可以提高財務報表分析的質量。
此外，報表使用者在閱讀和分析企業財務報表時，一定不要忽略報表附表和附注。仔細閱讀有關附表和附注，能使人們正確理解報表上所反映的信息，不至產生錯誤的判斷和結論。同時，在閱讀報表時，還應注意注冊會計師"審計報告"的意見。注冊會計師從第三者公正的立場，從專業人士的角度，對企業報表數據是否真實、可靠、可驗證等方面的評價，對于報表使用者是很有用的。
