牡丹區是山東省菏澤市下轄的一個市轄區，由原菏澤地區縣級菏澤市改制而成。
牡丹區是菏澤市中心主城區，是著名的中國牡丹之都和書畫之鄉、戲曲之鄉、曲藝之鄉、武術之鄉、民間藝術之鄉。牡丹是牡丹區的特色產業，擁有九大色系、十大花型、1237個品種，是世界上最大的牡丹栽培、觀賞、研發和苗木輸出基地。
牡丹區下轄11個街道辦事處、13個鎮：
東城街道、?西城街道、?南城街道、?北城街道、?牡丹街道、?丹陽街道、?岳程街道、?佃戶屯街道、?何樓街道、?萬福街道、?皇鎮街道、?沙土鎮、?吳店鎮、?王浩屯鎮、?黃堽鎮、?都司鎮、?高莊鎮、?小留鎮、?李村鎮、?馬嶺崗鎮、?安興鎮、?大黃集鎮、?呂陵鎮和胡集鎮。
其中，丹陽街道、岳程街道、佃戶屯街道辦事處實際由開發區管轄。
根據第七次全國人口普查數據，截至2020年11月1日零時，牡丹區常住人口為1098707人。
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