免征增值稅的收入，大部分情況下是不征收水利基金的。

貴地是否免征水利基金的征收管理辦法制定，歸各省市財政廳（局）:82/zuixintongzhi/2013-01-05/202.gov、地方稅務局.tzcs.gov.cn，要看當地《水利建設基金征收和減免管理辦法》
例：《浙江省地方水利建設基金征收和減免管理辦法》
拓展資料：
水利基金是用于水利建設的專項資金，由中央水利建設基金和地方水利建設基金組成。中央水利建設基金主要用于關系國民經濟和社會發展全局的大江大河重點工程的維護和建設。地方水利建設基金主要用于城市防洪及中小河流、湖泊的治理、維護和建設。跨流域、跨省(自治區、直轄市)的重大水利建設工程和跨國河流、國界河流我方重點防護工程的治理費用由中央和地方共同負擔。
管理暫行辦法：
第一條 為加快水利建設步伐，提高大江大河防洪抗旱能力，改變重點水利工程設施和江河防洪體系建設滯后的狀況，緩解水資源供需矛盾，促進社會經濟持續、快速、健康發展，根據國務院建立水利建設基金的決定，制定本辦法。
第三條 中央水利建設基金的來源：
(一)從中央有關部門收取的政府性基金(收費、附加)中提取3%。應提取水利建設基金的中央政府性基金(收費、附加)項目包括：車輛購置附加費、港口建設費、鐵路建設基金、市話初裝費、郵電附加、中央分成的電力建設基金。
(二)經國務院批準的其他可用于水利建設基金的資金。
第四條 地方水利建設基金的來源：
(一)從地方收取的政府性基金(收費、附加)中提取3%。應提取水利建設基金的地方政府性基金(收費、附加)項目包括：養路費、公路建設基金、車輛通行費、公路運輸管理費、地方交通及公安部門的駕駛員培訓費、地方分成的電力建設基金、市場管理費、個體工商業管理費、征地管理費、市政設施配套費。
(二)有重點防洪任務的城市要從征收的城市維護建設稅中劃出不少于15%的資金　，用于城市防洪建設。具體比例由省、自治區、直轄市人民政府確定。　有重點防洪任務的城市包括：北京、天津、沈陽、盤錦、長春、吉林、哈爾濱、齊齊哈爾、佳木斯、鄭州、開封、濟南、合肥、蕪湖、安慶、淮南、蚌埠、上海、南京、武漢、黃石、荊州、南昌、九江、長沙、岳陽、成都、廣州、南寧、梧州、柳州市，以及省、自治區、直轄市人民政府確定的有重點防洪任務的城市。
(三)經省、自治區、直轄市人民政府批準征收的用于水利工程和防洪設施建設的各項基金(資金、附加、收費)，統一納入地方水利建設基金。
第五條 中央水利建設基金的劃轉辦法由財政部會同國家計委、水利部另行制定。地方水利建設基金的劃轉辦法，由省、自治區、直轄市人民政府參照中央水利建設基金劃轉辦法，根據各地實際情況制定。
第六條 水利建設基金首先要用于現有的水利工程建設，具體使用范圍：
(一)中央水利建設基金專項用于：大江大河重點治理工程維護和建設；大江大河防汛抗洪設施維護和水毀工程修復；大江大河的清淤除障及流域內蓄滯洪區安全建設；全國性防汛抗旱通訊和信息系統維護和建設；其他經國務院批準的全局性水利工程。
(二)地方水利建設基金專項用于：地方重點水利工程建設項目；地方中小河流、湖泊的治理；地方重點水土流失防治工程建設；重點防洪城市的防洪設施建設；地方水利工程維護；其他經省級人民政府批準的水利工程項目。
第七條 水利建設基金屬于政府性基金，按照《國務院關于加強預算外資金管理的決定》(國發〔1996〕29號)的規定，納入財政預算管理，專項列收列支。每年年初分別由中央和省級水利部門根據水利建設規劃，向同級財政部門報送年度基金使用計劃，經同級財政部門審核后撥付資金。其中，用于現有水利工程基本建設的水利建設基金，要分別納入中央和地方基本建設投資計劃。水利建設基金實行專款專用，年終結余可結轉下年安排使用。
第八條 財政部門要建立健全水利建設基金的收支核算和日常管理制度；計劃部門要對水利基本建設項目進行嚴格審查。年終，中央和地方水利部門應按財政隸屬關系，分別編制水利建設基金收支決算報表；屬于基本建設的支出，還應按規定編制基本建設財務決算，報同級財政部門審批。
第九條 任何部門和單位不得任意提高水利建設基金的征收標準，不得擴大使用范圍，不得截留、擠占或挪用。各級財政、計劃、審計部門要加強對水利建設基金的監督檢查，違者要嚴肅處理。
第十條 本辦法自1997年1月1日起實行，到2010年12月31日止。
第十一條 各省、自治區、直轄市人民政府根據本辦法制定具體實施細則，報財政部、國家計委、水利部備案。
第十二條 本辦法由財政部會同國家計委、水利部解釋。
計算方法：
按經營收入的千分之一繳納。