年終獎單獨計稅，就是年終獎單列出來，作為收入納稅。 年終獎合并計稅，就是把那年終獎，工資等等加起來扣稅

單獨計稅和合并計稅，適合的是不同的年終獎發放方式。
舉兩個例子：
A公司小王，2020年工資扣除三險一金、免征額等后，應納稅所得額15萬元，年終獎3萬元。
按單獨計稅的方式，小王共需繳納900元個稅，年終獎到手29100元;
按合并計稅的方式，相當于年終獎扣稅6000元，到手24000元。
對小王來說，兩種計稅方式下，到手的年終獎差了5100元。
B公司小李，2020年工資扣除三險一金、免征額等，應納稅所得額3萬元，年終獎27萬元。如果單獨計稅，小李年終獎共需繳稅52590元，工資繳稅900元，合計53490元。
如果合并計稅，則共需繳納個稅43080元。
對小李來說，兩種計稅方式取得的年收入相差10410元。
總結一下，單獨計稅適用于工資高于年終獎的員工，合并計稅則適用于年終獎較多的員工。
拓展資料：
根據財政部、稅務總局《關于個人所得稅法修改后有關優惠政策銜接問題的通知》的規定，居民個人取得全年一次性獎金，符合《國家稅務總局關于調整個人取得全年一次性獎金等計算征收個人所得稅方法問題的通知》規定的，在2021年12月31日前，不并入當年綜合所得，以全年一次性獎金收入除以12個月得到的數額，按照本通知所附按月換算后的綜合所得稅率表，確定適用稅率和速算扣除數，單獨計算納稅。
計算公式為：
應納稅額=全年一次性獎金收入×適用稅率-速算扣除數
居民個人取得全年一次性獎金，也可以選擇并入當年綜合所得計算納稅。
自2022年1月1日起，居民個人取得全年一次性獎金，應并入當年綜合所得計算繳納個人所得稅。
也就是說，今年年內取得的年終獎，繳納個稅有兩種計稅方式，即單獨計稅和合并計稅。到了明年取得的收入，就只有合并計稅一種方式了。
單獨計稅和合并計稅，適合的是不同的年終獎發放方式。
個稅改革后，將工資薪金、勞務報酬等勞動性所得實行綜合計稅，避免了類似月度間波動造成的稅負不公平現象。當然收入越高，適用稅率越高，相應年終獎優惠政策取消后，年終獎需要繳納個稅規模越大。一個最極端的情況，如果全年應納稅所得額超過96萬元，將適用最高的45%邊際稅率，那么每1萬元年終獎需要納稅4500元，稅負明顯增加。
但國家充分考慮納稅人需求，為政策從單獨計稅轉向合并計稅設置了3年過渡期，也有助于企業安排更為合理的薪酬發放方式。