付款單位審查有關單證后，認為所發貨物的品種、規格、質量等與雙方簽定的合同不符或者因其他原因對收款單位委托收取的款項需要全部或部分拒絕付款的，應在付款期內出具“委托收款結算全部或都分拒絕付款理由書”(以下簡稱“拒絕付款理由書”)，連同開戶銀行轉來的有關單證送開戶銀行。
“拒絕付款理由書”一式四聯，*9聯(回單或支款通知)作付款單位的支款通知；第二聯(支款憑證)作銀行付出傳票或存查；第三聯(收款憑證)作銀行收入傳票或存查；第四聯(代通知或收帳通知)作收款單位收帳通知或全部拒付通知書。
付款單位出納員在填寫“拒絕付款理由書”時，除認真填寫收款單位的名稱、賬號、開戶銀行，付款單位的名稱、賬號、開戶銀行，委托收款金額，附寄單證張數等外，對于全部拒付的，“拒付金額”欄填寫委托收款金額，“部分付款金額”欄的大小寫都為零，并具體說明全部拒絕付款的理由；若部分拒付的，“拒付金額”欄填寫實際拒絕付款金額，“部分付款金額”欄填寫委托收款金額減去拒絕付款金額后的余額，即付款單位實際支付的款項金額，并具體說明部分拒付的理由，并出具拒絕付款部分商品清單。填完后，在“付款人蓋章”處加蓋本單位公章，并注明拒付日期。
按照規定，銀行對收到的付款單位的“拒絕付款理由書”連同委托收款憑證第五聯及所附有關單證，不審查拒絕付款理由，只對有關內容進行核對，核對無誤即辦理有關手續，實行部分拒付的，將部分付款款項劃給收款單位，“在拒絕付款理由書”*9聯上加蓋業務專用章退還給付款單位，將“拒絕付款理由書”第四聯寄給收款單位開戶銀行由其轉交收款單位。
付款單位收到銀行蓋章退回的“拒絕付款理由書”*9聯后，全部拒絕付款的，由于未引起資金增減變動，因而不必編制會計憑證和登記賬簿，只需將“拒絕付款理由書”妥善保管以備查，并在“委托收款登記簿”上登記全部拒付的情況。如果拒絕付款時，對方發出的貨物已到收到，則應在“代管物資登記簿”中詳細登記拒絕付款物資的有關情況。對于部分拒絕付款的，應當根據銀行蓋章退回的“拒絕付款理由書”*9聯，按照實際部分付款金額編制銀行存款付款憑證，其會計分錄和全部付款會計分錄相同。
例：S公司收到開戶銀行轉來T公司的委托收款憑證及有關單證后，經過審查只承付其中的100000元，對其余80000拒絕付款，按規定填寫“拒絕付款理由書”并送銀行辦理有關手續后，根據銀行蓋章退回的“拒絕付款理由書”*9聯編制銀行存款付款憑證，其會計分錄為：
借：商品采購85470．09
應交稅金——應交增值稅(進項稅額)14529．91
貸：銀行存款100000
收款單位收到開戶銀行轉來的付款單位的委托收款憑證第四聯和“拒絕付款理由書”第四聯(如部分拒付的還附有拒付部分商品清單及有關單證)，應立即與付款單位取得聯系，協商解決方法，對于全部拒付的，如果由付款方退回所購貨物，收款單位應編制轉賬憑證，沖減原有銷售收入，其會計分錄為：
借：產品銷售收入或商品銷售收入等
應交稅金——應交增值稅(銷項稅額)
貸：應收賬款
如果經過協商由收款單位用其他產品或商品替換原產品或商品，或者給予對方一定的銷售折扣，則收款單位重新辦理委托收款手續，可以沖減原有銷售收入，然后按照新的委托收款憑證重新進行會計處理，也可以在原有銷售收入基礎上進行會計處理。比如經過協商，收款方同意給予對方額外的銷售折扣，則收款方重新辦理委托收款手續，收款方可以沖銷原有銷售收入，然后按照新的委托收款金額編制轉賬憑證，確定銷售收入。
例：T公司采用委托收款方式向S公司銷售商品180000元，S公司以商品品種不符要求予以全部拒付，經過協商，T公司同意給予S公司20％的銷售折讓，T公司重新辦理委托收款手續。這時T公司首先應據據“拒付理由書”等有關憑證編制轉帳憑證，沖銷原有銷售收入，然后按新的委托收款憑證重新確定銷售收入，沖銷時，作會計分錄：
借：產品銷售收入153846．15
應交稅金——應交增值稅(銷項稅顛)26153．85
貸：應收帳款——S公司180000
按照新的委托收款憑證確定銷售收入，其會計分錄為：
借：應收帳款——S公司144000(180000-180000×20％)
貸：產品銷售收入123876．93
應交稅金——應交增值稅(銷項稅額)20923．07
實際收到款項時，按實際收到金額編制銀行存款收款憑證，其會計分錄為：
借：銀行存款144000
貸：應收賬款——S公司144000
對于部分拒付的，應于實際收到付款單位所付部分款項時，編制銀行存款收款憑證，其會計分錄為：
借：銀行存款
貸：應收帳款——××單位
對方拒付后退回拒付部分貨物的，應編制轉賬憑證，沖銷拒付部分銷售收入，其會計分錄為：
借：產品銷售收入或商品銷售收入等
應交稅金——應交增值稅(銷項稅額)
貸：應收賬款——××單位
如果經過協商，對于拒付部分給予銷售折讓的，可重新辦理委托收款手續，其處理方法同全部拒付相同。
