對于兼營增值稅和營業稅應稅行為的稅務處理，稅法規定，納稅人應分別核算貨物或增值稅應稅勞務及非增值稅應稅勞務的銷售額，不分別核算或者不能準確核算的，由主管稅務機關核定其銷售額。
對于營業稅的兼營行為，稅法規定，應分別核算不同稅目的營業額，未按不同稅目分別核算的，從高適用稅率。
對于從事貨物的生產、批發或零售的企業、企業性單位及個體經營者的混合銷售行為，均視為銷售貨物，征收增值稅；對于其他單位和個人的混合銷售行為，視為銷售非應稅勞務，征收營業稅。
案例1：變混合銷售為兼營行為
某鋼結構生產企業銷售鋼結構的同時為客戶進行安裝，假設總價為10000萬元（不含稅），其中鋼結構價值8000萬元、安裝費2000萬元。
如果企業簽訂的是購銷合同，則上述業務屬于典型的增值稅混合銷售業務。
增值稅銷項稅額=10000×17%=1700（萬元）應納城建稅=1700×7%=119（萬元）應納教育費附加=1700×3%=51（萬元）實際稅負率=（1700+119+51）÷11700×100%=15.98%
如果企業改變合同簽訂方式，改為與客戶簽訂銷售合同，金額為8000萬元（不含稅），與客戶簽訂安裝合同，金額為2000萬元。則應納稅額為：增值稅銷項稅額=8000×17%=1360（萬元）。
應納營業稅=2000×3%=60
應納城建稅=（1360+60）×7%=99.4（萬元）應納教育費附加=（1360+60）×3%=42.6（萬元）實際稅負率=（1360+60+99.4+42.6）÷（9360+2000）×100%=13.75%
案例2：改變混合銷售業務的性質
如果生產企業業務量較大，則可以考慮通過成立獨立核算的運輸公司來降低企業的整體稅負。
某風電設備生產企業，年銷售額為25000萬元（不含稅），其中收取的運費為350萬元。
如企業與客戶簽訂購銷合同則應納稅額為：增值稅銷項稅額=25000×17%=4250（萬元）應納城建稅=4250×7%=297.5（萬元）應納教育費附加=4250×3%=127.5（萬元）實際稅負率為（4250+297.5+127.5）÷（25000+4250）×100%=18.7%
如果企業將自有車輛整合，設立獨立核算的運輸公司，負責產品運輸，則生產企業應納稅額為：增值稅銷項稅額=24650×17%=4190.5（萬元）增值稅進項稅額=350×7%=24.5（萬元）應納增值稅額=4190.5-24.5=4166（萬元）應納城建稅=4166×7%=291.62（萬元）應納教育費附加=4166×3%=124.98（萬元）運輸公司應納稅額為：應納營業稅=350×3%=10.5（萬元）應納城建稅=10.5×7%=0.735（萬元）應納教育費附加=10.5×3%=0.315（萬元）總體稅負率= （4166+291.62+124.98+10.5+0.735+0.315）÷（24650+4166）×100%=16.27%。
