根據財政部、國家稅務總局關于企業合并重組業務企業所得稅處理若干問題的通知（財稅2009年59號文），在符合其他條件的情況下，如果參加合并的各企業的股東取得的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%，或者同一控制下且不需要支付對價的合并，被合并企業及其股東可以不按清算進行所得稅處理。
被合并企業及其股東按清算進行所得稅處理，一般會產生所得稅納稅義務，增加公司合并的稅收成本。比如：甲公司與其他公司合并，合并基準日甲公司資產總額1000萬元，負債總額500萬元，所有者權益500萬元。經過評估和協商各方同意甲公司進入合并的所有者權益為1000萬元（資產溢價500萬元），同時根據各方協商一致合并后公司的股權比例，甲公司需要投入合并后的公司權益為500萬元。在此合并中，合并后的公司需要支付給甲公司500萬元合并資產溢價款，致使股權支付比例不足85%。在上例中，被合并企業就不能適用特殊性稅務處理，而只能適用一般性稅務處理，對被合并企業及其股東按清算進行所得稅處理。甲公司因合并（清算）發生資產處理收益500萬元，需要繳納企業所得稅125萬元（500×25%），獲得稅后利潤375萬元，分配給股東后股東需要繳納個人所得稅75萬元（375×20%），累計發生稅收成本200萬元，股東實得300萬元。
同是在上例中，如果甲公司將1000萬元的股東權益全部投入到合并后的公司中，進行100%的股權支付，或者進行85%以上的股權支付，使合并后的公司支付給甲公司的合并資產溢價不超過15%，甲公司就可以適用特殊性稅務處理，就不需要按照清算對公司和股東進行所得稅處理，就可以節約稅收200萬元（并不影響甲公司資產的溢價）。當然，如果存續公司的股東以500萬元的價格將甲公司的股權先購入50%，然后再進行合并也會使合并免受一般性所得稅處理的規定。
從企業合并的實務看，是否需要股權以外的支付以及股權以外的支付是多還是少，主要取決于以下因素：1.參加合并的公司小股東的多和少，一般來說小股東多的，發生非股權支付的數額可能就大，反之就少；2.不同意加入合并的股東多和少，如果有股東不同意加入合并后的公司，根據公司法的規定，公司就需要收購該股東的股權，非股權支付的比例就會大，反之就會小；3.參加合并的公司資產評估的價值額與需公司股東投入合并后公司中資產價值額之間的對比關系，如果兩者相等，可能就不會有非股權支付，如果參加合并公司的資產的評估價值額大于需要其投入的資產價值額，可能就會發生非股權支付，大于的越多，非股權支付的比例就越大。
基于上述分析，參加合并的公司可以采取如下方法爭取適用特殊性稅務處理，從而節約合并稅收成本：1.在合并之前，主張合并的大股東收購本公司小股東的股權，從而消除因合并要求退股的問題；2.由參加合并的股東與要求非股權支付的股東簽訂附期限生效的股權轉讓協議（期限為合并后一年以上），并由參加合并的股東以訂金的方式將非股權支付額支付給享受非股權支付的股東；3.根據參加合并的各公司資產的評估額確定各公司股東在合并后的公司中的股份比例，消除或者控制非股權支付比例；4.對公司資產盤子過大，而合并資產受限的公司合并，也可以考慮對公司進行先分立，后合并的方法解決非股權支付問題。
總之，無論是采取合并并購，還是為重組進行合并，策劃者和操作者都要在法律允許的范圍內努力爭取適用公司合并的特殊性稅務處理，控制合并稅收成本。
