專用發票除具有普通發票的功能與作用外，還是納稅人計算應納稅額的重要憑證，與普通發票相比，它有以下區別：
(一)使用范圍不同
專用發票一般用于一般納稅人之間從事生產經營增值稅應稅項目使用;而普通發票則可以用于所有納稅人的所有經營活動，當然也包括一般納稅人生產經營增值稅應稅項目。
(二)作用不同
普通發票只是一種商事憑證，而專用發票不僅是一種商事憑證，還是一種扣稅憑證。
(三)票面反映內容不同
專用發票不但要包括普通發票所記載的內容，而且還要記錄購銷雙方的稅務登記號、地址、電話、銀行帳戶和稅額等。
(四)聯次不同
專用發票不僅要有普通發票的聯次，而且還要有扣稅聯。
(五)反映的價格不同
普通發票反映的價格是含稅價，稅款與價格不分離;專用發票反映的是不含稅價，稅款與價格分開填列。
增值稅小規模納稅人和非增值稅納稅人，不得領購使用增值稅專用發票。所以，開出普通發票和專用發票計算增值稅都是一樣的，但開專用發票，購貨方符合抵扣條件的(比如購貨方是一般納稅人，在規定的期限認證抵扣，購買的不是不得抵扣的貨物等)，進項稅額可以抵扣，而開普通發票，除農產品發票、運輸發票、小規模購買稅控機外，購貨方都不能抵扣。
